Выбор OS.
Так сложилось, что из дистрибутивов Linux я предпочитаю Debian based и Gentoo, ну и FreeBSD. Debian и FreeBSD, в зависимости от роли сервера я использую на выделенных серверах (FreeBSD чаще всего как хранилище, или в коммуникационных задачах, Debian в остальных случаях), Gentoo на VPS.
В случае VPS, где ресурсы достаточно ограничены, я предпочитаю именно Gentoo, т.к. из-за её гибкой системы portage, можно удобно собирать ПО с нужными оптимизациями и только необходимыми зависимостями, что очень способствует работе при ограниченных ресурсах, Экономится, в частности, весьма ценная на VPS оперативная память. Чаще всего этот выбор возможен, т.к. у подавляющего большинства хостеров, предоставляющих VPS, имеется пресет Gentoo.
Есть и минус, т.к. вычислительные мощности VPS достаточно скромны, сборка пакетов происходит небыстро. Но это операция после ввода сервера в строй не такая частая, и на мой взгляд экономия ресурсов во время работы этот минус с лихвой перевешивает.
Nginx+PHP-FPM как альтернатива Apache mod_php.
Теперь пара слов, почему выбрана именно связка nginx и php-fpm.
Тут опять основная причина в экономии памяти. Nginx не запускает в отличии от Apache по процессу (или потоку) на клиента, что очень существенно экономит память. Можно конечно было бы использовать схему Nginx (фронэнд) - Apache+ mod_php (бекэнд), но Apache в данной связке, вообще говоря, лишнее звено, т.к. вся его роль сводится к по большому счёту к обработке .htaccess файлов, реврайтам и запуску необходимого количества процессов php. Первое, в случае хостинга своих проектов не сильно нужно - изменения настроек можно сделать или в конфигурации nginx или в самом приложении, со второй проблемой Nginx справляется не хуже Apache, хотя из-за того, что синтаксис реврайтов различен, приходится произвести небольшую работу по их переписыванию. Но опять же, у нас не масс хостинг, и это не такая большая работа. Запуск же обработчиков php возложен на php-fpm - fastcgi process manager, который раньше был патчем к php, а сейчас вошёл в поставку php из коробки, и вполне применим на продакшен серверах.